Advarselen kom etter en formell klage fra Sun Microsystems om at Bill Gates' baby misbruker sin posisjon til å selge operativsystemet Windows NT. NT er verdens mest utbredte operativsystem for datamaskiner som brukes i støre datanettverk.
Microsoft har to måneder på seg til å komme opp med et svar på anklagene, melder Reuters.
Hvis selskapet ikke oppfyller EUs krav, kan kommisjonen ilegge Microsoft en bot på ti prosent av forrige års omsetning fra verdensmarkedet.
En bot av en slik størrelse er riktignok aldri ilagt noen, men det understreker at EU-kommisjonen kan legge press på programvaregiganten.
Kommisjonen sier den har sendt avgårde en protest som går på at Seattle-selskapets har misbrukt sin dominerende rolle i markedet for PC-operativsystemer ved å benytte denne makten i markedet for server-programvare.
EU og MS - ikke akkurat bestevenner:
EU-kommisjonen har en rekke klager på Microsoft
Dette kommer i tillegg til Microsofts antimonopol-rettsak i USA, som nylig gikk inn i sin andre runde.
Mer om Microsoft-saken:
Microsoft leverer anke