Assange skal ha hjulpet Chelsea Manning med å forsøke å hacke seg inn i datamaskiner som tilhørte det amerikanske forsvarsdepartementet. Manning er tidligere dømt for å ha lekket hemmelige dokumenter til WikiLeaks.
Datamaskinene var tilkoblet Internet Protocol Router Network (SIPRNet), et datanettverk for USAs utenriksdepartement og forsvarsdepartement.
Manning jobbet som etterretningsanalytiker i det amerikanske militæret og hadde derfor tilgang til datamaskinene.
Hvis han blir dømt, kan Assange få en fengselsstraff på maksimalt fem år, opplyser departementet.
Julian Assange ble torsdag pågrepet i Ecuadors ambassade i London, hvor han har levd i skjul siden 2012. Det skjedde like etter at Ecuadors presidentkontor opplyste at landet trekker tilbake beskyttelsen av Assange. Han er også fratatt sitt ecuadorianske statsborgerskap.