Beslutningen hans er en følge av økende uro og press fra kongresskomiteene som etterforsker forbindelsene mellom Russland og Trump-kampanjen i valgkampen i fjor.
Facebook har allerede utlevert annonsene som ble bestilt av falske kontoer som var knyttet til Russland, til spesialetterforsker Robert Mueller som gransker Russlands støtte til Trump. Kongressen har så langt fått nei, men nå snur Facebook.
Zuckerberg sier selskapet aktivt samarbeider med myndighetene.
– Det er en helt ny utfordring for nettsamfunn å måtte håndtere nasjoner og stater som forsøker å påvirke valg, sier Facebook-sjefen i en videopresentasjon natt til torsdag.
Skjulte annonser
Han sier også at Facebook vil være mer på vakt mot forsøk på å manipulere sosiale medier med falske eller skjulte annonser som søker å påvirke valg i USA og andre steder.
Men han advarer mot å tro at Facebook vil klare å avdekke absolutt alt av uønsket materiale før det publiseres.
Det enorme sosiale nettverket lar i sin nåværende form hvilken som helst annonsør, inklusive politiske aktører, rette annonsene sine inn mot spesifikke grupper Facebook-brukere basert på demografi, hobbyer, alder eller andre karakteristikker de deler informasjon om.
Enkelte analytikere mener de såkalte «mørke» eller «skjulte» annonsene, hvis innhold kun kan ses av personene de er rettet mot og ikke er tilgjengelig for resten av publikum, kan ha bidratt til å øke politiske spenninger og potensielt påvirket fjorårets presidentvalg.
Zuckerberg sier han skal forsøke å møte disse bekymringene.
– Vi skal sørge for at Facebook blir mer gjennomsiktig. Ikke bare skal du måtte fortelle hvilken side som har betalt for en annonse, vi skal også sørge for at folk kan besøke annonsørens side og se alle annonser de kjører ut til alle former for publikum på Facebook, sier Zuckerberg.
Falske kontoer
En intern Facebook-granskning viser at Russland-tilknyttede falske kontoer ble brukt til å kjøpe annonser som ble innrettet for å fyre opp under politiske stridstemaer før, under og etter presidentvalget i USA i fjor.
Om lag 470 kontoer brukte til sammen rundt 100.000 dollar på å kjøpe annonser mellom juni 2015 og mai 2017. Annonsene henviste til falske eller villedende nyhetsartikler, eller dro trafikk til sider med den typen innhold, ifølge en Facebook-ansatt.
Selv om pengebeløpet som ble brukt er relativt lite, kun nok til å kjøpe rundt 3.000 annonser, var kontoene eller nettsidene i strid med retningslinjene til Facebook og ble stengt, ifølge selskapets sikkerhetssjef Alex Stamos.
De fleste av annonsene inneholdt ikke direkte referanser til presidentvalget eller spesifikke kandidater, men så isteden ut til å fokusere på å «forsterke splittende sosiale og politiske meldinger på tvers av ulike ideologiske spektre», ifølge Stamos.
Kaller sosiale medier på teppet
Adam Schiff, en demokrat som leder etterretningskomiteen skal se på Facebooks funn, sier han har tro på at annonsene vil gi bedre innsikt i hva som skjedde under valget.
Videre sier han at komiteen også skal gjennomgå Facebooks interne etterforskning, og hvorfor det tok så lang tid før de fant de russisk-sponsede annonsene.
Schiff legger også til at komiteen vil høre fra flere teknologiselskaper, inkludert Google og Twitter.