Angrepet skjedde mandag og beskrives som intenst av Jonas Skardinskas, sjefen for det nasjonale datasikkerhetssenteret. Trolig står Russland bak, forteller han.
Ifølge nyhetsbyrået Baltic News Service har gruppa Killnet påtatt seg skylden.
Det dreide seg om et såkalt tjenestenektangrep, kjent som DDoS. Blant annet ble skatte- og innvandringsmyndighetene rammet, og de måtte stenge nettjenestene sine i flere timer.
Hendelsen kommer rundt en uke etter at russiske tjenestepersoner truet med å gjengjelde Litauens avgjørelse om å stanse russisk godstransport til Kaliningrad, den russiske enklaven som ligger omkranset av Nato-land.